Il restauro della fortificazione, promosso e realizzato dal Ministero per i Beni Culturali col sostegno e l'apporto del Comune della Spezia, è giunto a riscatto di un lungo periodo di abbandono e di degrado, consentendo il recupero ed il riuso funzionale dell'edificio.
I lavori furono avviati nel 1985. Si procedette al restauro dei paramenti lapidei del corpo di fabbrica inferiore. Per non alterare quell'aspetto di edificio in pietra a "faccia a vista" che si era ormai consolidato nel tempo, si decise di non procedere ad una generale reintonacatura delle superfici del paramento esterno, anche se in molte parti erano visibili tracce di intonaco rustico che ne suggerivano una sua originaria presenza estesa su tutte le pareti. Tuttavia le parti ancora esistenti di intonaco vennero conservate e consolidate. In questa fase vennero reintegrati i merloni di coronamento delle cortine, fortemente deteriorati ma ancora leggibili in vecchi rilievi e fotografie della fine dell'800. Tutte le superfici di coronamento dei muri sono state rivestite con una malta a base di cocciopesto, tradizionale sistema di impermeabilizzazione impiegato prima dell'introduzione dei moderni materiali bituminosi e siliconoci. Si procedette quindi alla impermeabilizzazione ed alla realizzazione delle coperture delle superfici piane che delimitano le due parti del castello. Sono state impiegate lastre di arenaria a spacco secondo il disegno originario desumibile da alcune porzioni ritrovate al piano delle coperture del secondo livello.Un esame analitico dei disegni conservati presso l'Archivio di Stato di Genova ha permesso di stabilire la forma della rampa di accesso alla piazza superiore, demolita in epoca imprecisata, di cui sono stati ritrovati alcuni masselli lapidei a profilo arrotondato. Così si è deciso di riproporne il tracciato con la stessa ripida pendenza, ma con l'inserimento di alcuni correttivi parziali, quali una fascia con maggior numero di gradoni e un corrimano centrale.
La sala occidentale della piazza inferiore (sala IV) è stata completamente liberata dal riporto in terra battuta creato nel 1607 per irrobustire le murature. La pavimentazione dei locali interni è stata realizzata con materiale lapideo a spacco, conforme al disegno antico ancora ritrovato in alcune parti, come ad esempio la cisterna sottostante la sala III. Uno dei maggiori problemi che il restauro ha dovuto affrontare è stato quello della creazione di una rampa di collegamento fra la via XXVII marzo e il portale di ingresso. L'antico sistema di accesso al castello, comprendente rampa, fossato, battiponte e ponte levatoio, era stato infatti distrutto in seguito all'apertura della strada pubblica. Si è creata una rampa unica meno ripida di quella interna. Sul portale di accesso sono stati ricollocati lo stemma della Repubblica di Genova ed il bassorilievo affigurante San Giorgio e il drago. Con l'ultima fase dei lavori effettuati tra il 1996 ed il 1998 si è completato il recupero della parte superiore del castello. E' stata riaperta la porta che si affacciava sul lato ovest, ancora evidenziata in alcuni disegni del XVIII secolo. E' stato rimosso il riporto in terra battuta realizzato nel 1607 per rendere più resistenti ai tiri le cortine murarie dei lati nord ed est corrispondenti alle sale VII, VIII, X; tale intervento ha permesso di riportare in luce una notevole parte delle mura di cinta del castello trecentesco e gli ambienti corrispondenti alle sale VII e VIII. In questi vani sono state così rinvenute alcune feritoie per arcieri ancora tamponate, straordinari elementi di difesa, pressoché intatti ed ora di nuovo visibili. Allo stesso modo gli originari camini di ventilazione al centro delle volte dei bastioni sono stati riaperti. Alcune porzioni del piano di calpestio della parte superiore del castello sono state realizzate in grigliato per consentire di lasciare a vista i resti delle strutture medievali ritrovate durante i lavori di restauro: si tratta in particolare della base del mastio e di alcuni locali sotterranei della salaVI.

Sintesi da Giorgio Rossini: Il castello di San Giorgio: storia, architettura, restauro.